Après l’occupation de Ouagadougou, le 23 décembre 1896, le Mogho Naaba accepte le protectorat des Français, qui sont engagés dans une course aux colonies avec les Britanniques. Tandis que se constitue l’Afrique occidentale française jusqu’en 1919, les royaumes Mossis sont rattachés à une entité dénommée Haut-Sénégal-Niger.

C’est en 1919 qu’est constituée la colonie de Haute-Volta sur le territoire de l’actuel Burkina Faso ; elle comprend sept cercles : Gaoua, Bobo-Dioulasso, Dédougou, Ouagadougou (chef-lieu), Dori, Say et Fada N’Gouma. Cependant, plusieurs éléments rendent l’autonomie de la Haute-Volta problématique : d’une part, les colonies voisines convoitent ce réservoir de main d’œuvre, et il manque aussi d’un accès à la mer. Ensuite, l’administration coloniale doit restreindre ses frais de fonctionnement. C’est pourquoi, en septembre 1932, la Haute-Volta est dépecée au profit du Soudan français (actuel Mali), de la Côte d’Ivoire et du Niger, en dépit des protestations du Mogho Naaba. Cependant, après les services rendus pendant la Seconde Guerre mondiale, la Haute Volta fut reconstituée en 1947 grâce à l’insistance du Mogho Naaba de l’époque.

La création de nouvelles infrastructures politiques contribuent à associer les autochtones à la gestion du territoire. Les premiers conseils municipaux sont élus, ainsi qu’une Assemblée territoriale ; des représentants sont envoyés auprès du Parlement métropolitain (à l’Assemblée nationale: Gérard Ouedraogo, Joseph Conombo, Nazi Boni, Henri Guissou, Mamadou Ouedraogo), de l’Assemblée de l’Union française et du Grand Conseil de l’AOF. Le 31 mars 1957, la nouvelle Assemblée territoriale est élue au suffrage universel, et désigne un gouvernement de douze membres. Ouezzin Coulibaly, député de Côte d’Ivoire mais originaire de Haute-Volta, est élu vice-président, puis président de ce gouvernement, mais meurt le 7 septembre 1958. Maurice Yaméogo, soutenu par Félix Houphouët-Boigny et l’UDV (Union démocratique voltaïque) lui succède. Le 17 octobre, le Mogho-Naaba fait rassembler plusieurs centaines de personnes devant le palais de l’Assemblée territoriale, en vue d’établir une monarchie constitutionnelle, sans succès.